헌법재판소(헌재)가 2001년 7월 19일 선거법의 비례대표(전국구) 의석 배분 방식(189조 1∼7항)과 기탁금 납부조항(56조 1항 등) 등에 대해 위헌 결정을 내렸다. 현행의 비례대표제가 유지되는 한, `1인 1표제`도 위헌이라는 한정(限定) 위헌 결정도 함께 내렸다. 따라서 일정 득표를 못하면 기탁금을 국고에 귀속하도록 한 조항(57조 1항 등)과 지역구 득표비율에 따라 비례대표의석을 배분토록 한 조항 등도 자동적으로 효력을 잃게 됐다.

민주노동당과 민주당 조순형 의원 등은 이 같은 선거법 조항이 위헌이라며 2000년 2월 헌법소원을 냈었다. 헌재의 위헌 결정에 따라 앞으로 비례대표제를 유지하려면 지역구 의원과 정당에 대한 투표권을 함께 주는 정당명부식 비례대표제인 `1인 2표제`로 하거나, `1인 1표제`를 유지하려면 비례대표제를 없애는 방향으로 선거법 개정이 불가피하게 됐다. 헌재가 현행 비례대표제 방식에 대해 위헌 결정을 내린 가장 큰 이유는 이같은 방식이 유권자 의사를 제대로 반영하지 못한다는 점때문이다. 유권자가 지지하는 정당과 후보자가 엇갈릴 경우, 어느 쪽을 기준해서 투표하든 절반의 선택권은 뺏길 수 밖에 없는 구조라는 것이다.

국회는 10월 4일 본회의를 열어 헌재가 위헌으로 결정한 `국회의원 지역구 후보자 등록 때 2000만원을 기탁하도록 한 조항`을 완화하는 선거법 개정안을 통과시켰다. 기탁금을 현행 2000만원에서 1500만원으로 낮추고, 기탁금을 돌려받을 수 있는 요건도 유효투표 총수의 100분의 20에서 100분의 15이상 득표한 경우로 완화하는 개정안이 통과되자 군소정당과 시민단체는 헌재의 위헌 취지에 어긋난다며 강력히 반발, 다시 헌재에 위헌소송을 제기했다.